后来科社党和同盟会翻脸后,质问各个革命组织时,他们也宣布和同盟会划清界限。在科社党邀请他们加入南方政府时,这帮人却没有答复。因为淮上军是个成分很复杂的组织,里面虽然有革命党有进步青年,但更多的却是地方上的豪强缙绅。因为科社党的“土改”等政策,他们内部意见不统一,那些地方豪强对科社党非常敌视,并不愿投靠科社党。科社党派人来谈了几次没结果后,也没有强求了,就任其自生自灭。
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再后来,科社党又在接收江南势力,又要搞内政建设,北洋忙着逼宫和扩军。这最强的两方势力都没空理会他们,所以淮上军这帮人就在颍州当起土皇帝了,小日子还是过得挺滋润的。
但是好景不长,这土皇帝没当几天,袁世凯已经建好了几镇新军,于是淮上军这只最弱的“革命军”就成了北洋军开刀立威的对象。大头派出段祺瑞挂帅,率领第2第13、第6三个镇,出兵安徽剿灭淮上军。
淮上军的战斗力虽然比巡防营高点,但也是只有五的样子,哪里是北洋军的对手,双方一对阵,立即就被打得落花流水,他们的老窝颍川府连半天都没坚持住,就被北洋军的重炮轰开了。淮上军主力被一战全歼,剩下的全部跑回了寿县一带躲了起来。
因为倪嗣冲是内定的安徽都督,北洋军打下颍川后,段祺瑞就带着第2第13镇回去了,留下他的第6镇继续清剿残敌。
倪嗣冲这家伙打仗不行,但鱼肉百姓,搜刮小钱钱的本事却是一等一的。于是颍川一带的豪强士绅就倒霉了,这些人多少都和淮上军有些关系。倪嗣冲就以此为借口,以“追剿淮上军”、“查办社团、帮会”之名,大肆捕杀当地豪强士绅,连普通百姓也被牵连了很多。倪嗣冲为了搜刮,在皖北一带抄家灭门的事情于了不知多少。搞得皖北民众恨之入骨,称其为“倪屠户”。
倪嗣冲统治安徽期间,一方面依靠地主豪绅残酷压榨民众,横征暴敛,苛捐杂税名目之多不下3余种,滥发的毫无基金的纸币及公债券也不计其数。他把搜刮来的大批钱财存入天津日本银行,供倪氏家族过着奢靡腐朽的生活。另一方面又残酷打击革命进步势力,凡是和淮上军有关的,基本上都被搞得家破人亡。
当时,蚌埠商贸日盛,并以盐粮交易为大宗。倪大都督见盐业有利可图,就变更淮盐“引岸”,将原设宿县的皖北盐务局移入蚌埠,并成立阜安盐栈,规定原从江苏运销于皖北的食盐,全集中于蚌埠,强权垄断。同时,倪将凤阳关（税关）也移至蚌埠,以控制税收。不过倪嗣冲这家伙对蚌埠也没有所谓“兔子不吃窝边草”的意思,比如他在蚌埠为了建造都督府和练兵场时,就强征民田无数,并派差抓夫,民众苦不堪言。
倪大都督的种种事迹,就不再细表,反正就在这么短短的一年多时间里,他就成功的把安徽刮得天高三尺,搞得民怨沸腾,把他老大袁世凯坑得一塌糊涂。当然,倪大都督自己就赚得盆满钵满,两袖金风了。